Optamos por um VARBINARY(16) coluna e use inet_pton() e inet_ntop() para fazer as conversões:

https://github.com/skion/mysql-udf-ipv6

As funções podem ser carregadas em um servidor MySQL em execução e fornecerão INET6_NTOP e INET6_PTON em SQL, assim como o familiar INET_NTOA e INET_ATON funções para IPv4.

Edit:Existem funções compatíveis no MySQL agora, apenas com diferente nomes . Use o acima apenas se você estiver no MySQL pré-5.6 e estiver procurando por um caminho de atualização futuro conveniente.