Você pode criar um procedimento armazenado para inserir nesta tabela.
DELIMITER $$
CREATE PROCEDURE insert_distance(IN p_town1 varchar(50), IN p_town2 varchar(50), IN p_distance int)
BEGIN
INSERT INTO distance(town1, town2, distance)
SELECT LEAST(p_town1, p_town2), GREATEST(p_town1, p_town2), p_distance;
END $$
DELIMITER ;
Usando apenas este procedimento para inserir você garante que um erro seja lançado, quando a entrada já existir. E você não insere as cidades acidentalmente na ordem errada.
