A configuração do tamanho do cache de consulta mysql geralmente está localizada no arquivo my.ini . Como é uma configuração de servidor, geralmente não deve ser permitido que scripts como php alterem sua configuração. Se bem me lembro, o cache de consulta do mysql geralmente está ativado, a menos que você não tenha compilado o mysql sem ele.

Aqui há informações mais detalhadas sobre como funciona, como é configurado e quais variáveis ​​de inicialização devem ser usadas.

Aqui são informações mais detalhadas sobre como você pode modificar o comportamento usando variáveis ​​dinâmicas do sistema.

Eu não uso o phpmyadmin há muito tempo, então não posso responder sobre como esses valores são facilmente acessíveis. Com SHOW VARIABLES LIKE '%query%'; deve ser fácil acessá-los de qualquer maneira.