A diferença está nos algoritmos que o MySQL usa nos bastidores para encontrar seus dados. As pesquisas de texto completo também permitem classificar com base na relevância. O LIKE a pesquisa na maioria das condições fará uma verificação completa da tabela, portanto, dependendo da quantidade de dados, você poderá ver problemas de desempenho com ela. O mecanismo de texto completo também pode ter problemas de desempenho ao lidar com grandes conjuntos de linhas.

Em uma nota diferente, uma coisa que eu acrescentaria a esse código é algo para escapar dos valores explodidos. Talvez uma chamada para mysql_real_escape_string()