Você não pode usar order by e limit na instrução de atualização no caso de várias tabelas.
Citando a documentação do MySQL:
UPDATE user u
INNER JOIN
(
SELECT
*,
(@i := (@i + 1)) AS row_number
FROM user u
CROSS JOIN (SELECT @i := 0) r
WHERE user_active=1
ORDER BY user_planets DESC
)AS t
ON u.Primary_key = t.primary_key
SET u.user_rank_planets = t.row_number.
Observação: Substitua
u.Primary_key
e t.primary_key
pela chave primária de user
tabela. Leia os primeiros parágrafos http://dev.mysql.com/doc /refman/5.7/en/update.html