Você pode usar uma conexão segura com o MySQL:

Lado do MySQL:https://dev.mysql.com/ doc/refman/5.5/en/secure-connections.html

Lado do PHP:https://php.net/manual/en/mysqli. real-connect.php (Sinalizador MYSQLI_CLIENT_SSL)

Eu não trabalhei com conexões SSL para MySQL com PHP, mas acho que não é difícil encontrar as informações necessárias em https:// php.net , https://dev.mysql.com e https://google.com

Atualizar

Isso pode ajudar:https://www.madirish.net/node/244 , Conexões PHP para MySQL SSL , https://www.php.net/manual/en/ mysqli.ssl-set.php