Você pode fazer o componente de túnel SSH de forma totalmente independente e, em seguida, apontar node-mysql (ou qualquer outro cliente sql...) para seu banco de dados usando TCP encapsulado em SSH.
Basta configurar seu túnel SSH assim
ssh -N -p 22 [email protected] -L 33306:localhost:3306
Deixe isso em segundo plano (consulte artigos como este para informações mais detalhadas).
Em seguida, basta enviar qualquer cliente MySQL para a porta 33306 no localhost. Na verdade, ele se conectará como se você estivesse em seu servidor remoto e usando a porta 3306.
