Para aqueles que desejam um hack com uma pequena desvantagem:http://www.mysqlperformanceblog.com/2011/12/23/solving-information_schema-slowness/
O que ele faz é desabilitar algumas estatísticas que são atualizadas se você consultar o esquema, mais informações aqui:http://dev.mysql.com/doc/refman/5.1/en/innodb-parameters.html#sysvar_innodb_stats_on_metadata
E para facilitar as coisas para vagabundos preguiçosos que não querem ler, você só precisa fazer uma alteração em uma configuração:
innodb_stats_on_metadata=0
Você pode fazer isso no arquivo de configuração ou dinamicamente:
mysql> set global innodb_stats_on_metadata=0;
