Você tem várias opções aqui:

• No lado do servidor sql, você pode configurar uma conexão com seu banco de dados mysql antigo usando algo chamado servidor vinculado . Isso permitirá que você escreva o código sql para o sql server que retorna dados das tabelas mysql. Você pode usar isso para criar instruções INSERT ou SELECT INTO.
• Você pode escrever consultas para mysql para exportar seus dados como csv e, em seguida, usar os recursos BULK INSERT do sql server para importar com eficiência os dados csv.
• Você pode usar os serviços de integração do Sql Server para definir mover os dados do mysql.

Independentemente de qual você escolher, artefatos não relacionados a dados, como índices, chaves estrangeiras, gatilhos, procedimentos armazenados e segurança, terão que ser movidos manualmente.