Como inserir várias linhas em um banco de dados mysql de uma só vez com instruções preparadas?

Isso é totalmente válido:

$stmt = $mysqli->prepare("INSERT INTO something (userid, time, title) VALUES (?, ?, ?)");

$stmt->bind_param('iis', $userid, time(), $title);
$stmt->execute();

$stmt->bind_param('iis', $userid, time(), $title);
$stmt->execute();

$stmt->bind_param('iis', $userid, time(), $title);
$stmt->execute();

$stmt->bind_param('iis', $userid, time(), $title);
$stmt->execute();

Você pode acessar sua matriz de valores para inserir, vincular e executar a cada vez. Não será tão rápido quanto a inserção em massa no exemplo que você vinculou, mas será mais seguro.