É bom que você esteja usando mysql_real_escape_string()!

Eu acho que o problema pode ser que, em alguma página de formulário de passo lateral -> arquivo de cabeçalho -> arquivo principal -> arquivo de macro mysql -> inserindo no banco de dados etc. Se você estiver usando algum método CMS, é claro.

Então, basicamente:

1. Certifique-se de que todas as suas tabelas e células no mysql sejam UTF8
2. Adicione isto à sua macro mysql ou logo após criar a conexão mysql:mysql_query("SET NAMES utf8");
3. Adicione isso ao seu arquivo principal ou no topo da sua página php:Header("Content-Type: text/html; charset=UTF-8");
4. E, claro, a meta-tag, que define a codificação no arquivo html/template.

Se você dominou essas etapas, isso deve ser corrigido. Se não, então pelo menos você depurou muitos problemas possíveis :)