O site que você vinculou contém todas as informações necessárias:

O innodb_ft_min_token_size não é uma variável dinâmica então você terá que alterar o arquivo de configuração my.cnf e adicione innodb_ft_min_token_size=6 . Alternativamente, você precisa alterar o comando de inicialização do seu servidor MySQL.

Após a alteração você deve reiniciar seu servidor MySQL.