Mysql
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Usando o operador EXCEPT na versão MySql 5.1


Até onde eu sei, o MySQL não suporta o EXCEPT operador. Tente isso em vez disso:
SELECT File_Name
FROM Words_DB
WHERE Word_Name=" . $element . "
AND File_Name NOT IN (
  SELECT File_Name 
  FROM Files_DB 
  WHERE Display=0
)

Você também pode usar um NOT EXISTS correlacionado ou um LEFT JOIN . Como não uso muito o MySQL, não posso dizer qual funciona melhor.