Pessoalmente eu uso stored procedures.
Aqui está um exemplo básico com PDO:
Código para criar os Stored Procedures :
CREATE DEFINER=`user`@`localhost` PROCEDURE `InsertUser`(IN `Input_username` INT, OUT `Out_ID` INT)
LANGUAGE SQL
NOT DETERMINISTIC
CONTAINS SQL
SQL SECURITY DEFINER
COMMENT ''
BEGIN
INSERT INTO users(
username)
VALUES (
Input_username);
SET Out_ID = LAST_INSERT_ID();
SELECT Out_ID;
END
E código PHP :
$insert = "CALL InsertUser(:Input_username,
@Out_ID)";
$bdd = new PDO('mysql:host=localhost;dbname=db-name', 'user', 'password');
$stmt = $bdd->prepare($insert);
$stmt->bindParam(':Input_username', rand(), PDO::PARAM_STR); // to create random name
$stmt->execute();
$tabResultat = $stmt->fetch();
$id_user = $tabResultat['Out_ID'];
var_dump($id_user);
Espero ter ajudado. :)