De http://dev.mysql. com/doc/refman/5.1/en/innodb-data-log-reconfiguration.html :

O Innodb cria um sistema de arquivos (o "espaço de tabela") dentro dos próprios arquivos de dados. Ele nunca "encolhe" os arquivos de dados quando os dados são removidos, pois a reorganização dos dados dentro do arquivo pode custar caro (não há garantia de que os dados removidos estavam no final, ou mesmo contíguos). Ao recriar o banco de dados conforme descrito acima, ele torna o arquivo tão grande quanto necessário para todos os dados, mas não maior.