O docker-entrypoint-initdb.d pasta será executada apenas uma vez enquanto o contêiner é criado (instanciado), então você realmente precisa fazer um docker-compose down -v para reativar isso para a próxima execução.

Se você quiser adicionar arquivos sql a qualquer momento, veja aqui uma imagem do docker MySql especializada... http ://ivo2u.nl/o4