Parar consulta através do pdo

O principal problema aqui é compartilhar o PID entre sua solicitação assíncrona que gera o relatório e o script que deve interrompê-lo.

Você pode obter seu PID usando:

    $stmt = $dbh->prepare("SELECT CONNECTION_ID()");
    $stmt->execute();
    $pid = $stmt->fetchColumn();

E você pode usar algo como php-shared-memory para criar uma variável compartilhada entre seus scripts. Se você não estiver usando o Composer para suas dependências de projeto, esta biblioteca tem uma versão independente (1.5.0, aqui ).

Exemplo de implementação:

<?php

if (!include __DIR__ . '/vendor/autoload.php')
{
    die('You must set up the project dependencies.');
}

use Fuz\Component\SharedMemory\SharedMemory;
use Fuz\Component\SharedMemory\Storage\StorageFile;

// your intializations here

$storage = new StorageFile("/tmp/shared.{$user_id}.sync");
$shared = new SharedMemory($storage);

if (!isset($_POST['cancel_request']))
{
    $stmt = $dbh->prepare("SELECT CONNECTION_ID()");
    $stmt->execute();
    $pid = $stmt->fetchColumn();

    $shared->pid = $pid;

    // your long query here

    $shared->destroyStorage();
}
else
{
    // kills pid
    $pid = $shared->pid;
    if (!is_null($pid))
    {
        $dbh->exec("KILL {$pid}");
    }
}