É melhor pensar em seus cenários de uso ao planejar sua camada de armazenamento.
Isso ajudará você a descobrir para quais consultas você deseja que sua camada de persistência seja otimizada.
Se você vai lidar com muitas consultas como "Encontre-me todos os objetos dentro deste espaço". Você pode querer usar as extensões espaciais.
No entanto, se na maioria das vezes você está simplesmente desenhando um objeto com um determinado id, basta salvar os polígonos como um blob json no banco de dados.
CREATE TABLE Polígonos(polygon_id int not null,vertices_json varchar(4096))