Não obstante quaisquer benefícios / desvantagens de seu uso, que são discutidos em outros tópicos ( MyISAM versus InnoDB ), a migração é um processo não trivial.

Considerar

• Teste funcionalmente todos os componentes que se comunicam com o banco de dados, se possível - os mecanismos de diferença têm semânticas diferentes
• Executando o máximo de testes de desempenho possível - algumas coisas podem melhorar, outras podem ficar muito piores. Um exemplo bem conhecido é SELECT COUNT(*) em uma tabela grande.
• Verificando se todo o seu código lidará com deadlocks normalmente - você pode obtê-los sem o uso explícito de transações
• Estime quanto uso de espaço você obterá convertendo - teste isso em um ambiente que não seja de produção.

Você sem dúvida precisará mudar as coisas em uma grande plataforma de software; tudo bem, mas como você (espero) tem muita cobertura de teste automático, a mudança deve ser aceitável.

PS:Se "Algo está começando a sobrecarregar a CPU", você deve a) Descobrir o que, em um ambiente de não produção, b) Tentar várias opções para reduzi-lo, em um ambiente de não produção. Você não deve começar cegamente a fazer coisas importantes, como alterar mecanismos de banco de dados, quando ainda não analisou completamente o problema.

Todos os testes de desempenho devem ser feitos em um ambiente de não produção, com dados de produção e em hardware de nível de produção. Caso contrário, é difícil interpretar os resultados corretamente.