Se você gosta de jogar - então faça isso :)

Para ter 99% de certeza, você teria que bloquear a mesa para escrever. Você não tem certeza de que (no futuro) as duas transações não poderão se entrelaçar.

Para ter 100% de certeza você leu esses valores. (Ou analise a fonte MySQL) A melhor solução seria adicionar a data às configurações de edição da tabela e ler as últimas. Se você não quiser alterar a estrutura, você pode usar gatilhos http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/en/create-trigger.html .

Uma boa solução será atualizar todas as suas configurações ou apenas pares:chave - nome da configuração