É específico da instalação, mas se você tiver /var/lib/mysql , então:

• As tabelas MyISAM serão armazenadas em arquivos individuais em /var/lib/mysql/databasename /
• O InnoDB reside em /var/lib/mysql/ibdata (a menos que você tenha usado a configuração innodb_per_table, caso em que é armazenado como nas tabelas MyISAM)