Qualquer coisa que você fizer exigirá leitura e escrita de 38 milhões de linhas, então nada será muito rápido. Provavelmente, o método mais rápido é provavelmente colocar os dados em uma nova tabela:
create table newTable as
select id1, id2
from oldTable;
Ou, se você quiser ter certeza de que preserva tipos e índices:
create table newTable like oldTable;
alter table newTable drop column assocId;
insert into newTable(id1, id2)
select id1, id2
from oldTable;
No entanto, geralmente é mais rápido descartar todos os índices em uma tabela antes de carregar um monte de dados e, em seguida, recriar os índices posteriormente.
