Aqui está uma boa análise dessas duas abordagens:SQL left join vs várias tabelas na linha FROM?

Esta explicação é geral, não tenho muita certeza do que o MySQL faz neste assunto; mas de qualquer forma o ponto é que um JOIN é sempre mais explícito e claro e pode ser movido de um mecanismo para outro sem grandes alterações na lógica da consulta.