Se você estiver na página Visão geral do modelo, receberá uma guia com o esquema. Se você clicar com o botão direito nessa guia, terá a opção de "editar esquema". A partir daí, você pode renomear o esquema adicionando um novo nome e clicar fora do campo. Isso vale para o MySQL Workbench 5.2.30 CE

Edit:Na visão geral do modelo está em Esquema Físico

Captura de tela: