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SELECT id HAVING contagem máxima de id

SELECT color_id AS id, COUNT(color_id) AS count 
FROM products 
WHERE item_id = 1234 AND color_id IS NOT NULL 
GROUP BY color_id 
ORDER BY count DESC
LIMIT 1;

Isso lhe dará o color_id e a contagem nesse color_id ordenados pela contagem do maior para o menor. Acho que é isso que você quer.

para sua edição... 
SELECT color_id, COUNT(*) FROM products WHERE color_id = 3;