Não há configuração de tempo limite por usuário, mas você pode definir o
wait_timeout valor dinamicamente. Ou seja, depois de fazer uma conexão com um determinado usuário, você pode emitir uma instrução para alterar o valor de tempo limite para o que deseja que seja para a sessão desse usuário. Tente o seguinte experimento no cliente de linha de comando mysql:
mysql> SHOW VARIABLES LIKE 'wait_timeout';
... mostra 28800 (ou seja, 8 horas), que é o padrão
wait_timout . mysql> SET SESSION wait_timeout = 60;
mysql> SHOW VARIABLES LIKE 'wait_timeout';
... mostra 60.
Então você pode sair da sessão, reconectar e novamente o padrão
wait_timeout é 28800. Portanto, é limitado ao escopo da sessão atual. Você também pode abrir uma segunda janela e iniciar uma sessão separada do cliente mysql, para provar que alterar o
wait_timeout em uma sessão não afeta outras sessões simultâneas. 
