Infelizmente, você deve limpar manualmente as migrações com falha para o MySQL. O MySQL não oferece suporte a alterações de definição de banco de dados transacional.

Rails 2.2 inclui migrações transacionais para PostgreSQL. Rails 2.3 inclui migrações transacionais para SQLite.

Isso não ajuda muito no seu problema agora, mas se você tiver uma opção de banco de dados em projetos futuros, recomendo usar um com suporte para DDL transacional porque torna as migrações muito mais agradáveis.

Atualização - isso ainda é verdade em 2017, no Rails 4.2.7 e MySQL 5.7, relatado por Alejandro Babio em outra resposta aqui.