Seu status de sessão é definido assim que você inicia uma sessão e, por padrão, assume o valor GLOBAL atual.
Se você se desconectou depois de
SET @@GLOBAL.wait_timeout=300 , e posteriormente reconectado, você verá SHOW SESSION VARIABLES LIKE "%wait%";
Result: 300
Da mesma forma, a qualquer momento, se você
mysql> SET session wait_timeout=300;
Você conseguiria
mysql> SHOW SESSION VARIABLES LIKE 'wait_timeout';
+---------------+-------+
| Variable_name | Value |
+---------------+-------+
| wait_timeout | 300 |
+---------------+-------+
