As informações que você deseja podem ser encontradas executando
mysql --help
ou
mysqld --help --verbose
Eu tentei este comando na minha máquina:
mysql --help | grep "Default options" -A 1
E imprimiu:
Default options are read from the following files in the given order:
/etc/my.cnf /usr/local/etc/my.cnf ~/.my.cnf
Veja se isso funciona para você.
