No meu caso, esse erro apareceu especificamente com empty valores de geometria em uma coluna de geometria não nula.

No meu caso, as geometrias vazias eram casos legítimos de geometria desconhecida, então resolvi isso alterando a coluna para permitir valores nulos e, em seguida, executando UPDATE ... SET geom = NULL WHERE IsEmpty(geom);

Depois disso, consegui executar novamente o mysqldump e importe com sucesso o sql resultante em um banco de dados separado.

(Para ser honesto, não tenho certeza de como os valores de geometria vazios chegaram lá - nem sei a sintaxe para criar um valor de geometria vazio)