Como outros disseram, você não pode usar o comando
source na API Python do MySQLdb Então, em vez de executar isso, carregue o arquivo e execute-o
Digamos que seu arquivo .sql tenha
create database test;
Leia o conteúdo como
sql=open("test.sql").read()
E então execute-o
cursor.execute(sql);
Você receberá um novo banco de dados "teste"
