Eu também tive o mesmo problema no passado. Tudo aconteceu depois de mover os arquivos de banco de dados para um novo local e depois de atualizar o servidor mysql. Todas as tabelas com mecanismo InnoDB desapareceram do meu banco de dados. Eu estava tentando recriá-los, mas o mysql me disse 1146: Table 'xxx' doesn't exist o tempo todo até que eu recriei meu banco de dados e reiniciei o serviço mysql.

Eu acho que há uma necessidade de ler sobre binários de tabela InnoDB.