Eu não recomendaria tentar limitar o número de linhas em uma tabela SQL, a menos que você tenha um bom motivo para fazê-lo. Parece que seria melhor usar uma consulta como:
select top 1000 entityID, entityName from TableName
em vez de limitar fisicamente as linhas da tabela.
No entanto, se você realmente deseja limitá-lo a 1000 linhas:
delete from TableName where entityID not in (select top 1000 entityID from TableName)
