Esta é uma pergunta simples com uma resposta muito complicada!

Resumindo:o EC2 fornecerá desempenho máximo se você usar um EBS RAID0. Fazer o RAID0 EBS requer uma quantidade bastante significativa de sobrecarga de manutenção, por exemplo:

http://alestic.com/2009/06/ec2-ebs-raid

http://alestic.com/2009/09/ec2-consistent-snapshot

EC2 sem RAID0 O EBS fornecerá um desempenho de E/S ruim, portanto, nem mesmo é uma opção.

O RDS fornecerá um desempenho muito bom (embora não máximo) pronto para uso. O console de gerenciamento é fantástico e é fácil atualizar instâncias. Alta disponibilidade e escravos somente leitura estão a um clique de distância. É REALMENTE incrível.

Resposta curta:Vá com RDS. Ainda em cima do muro? Vai com RDS!!! se você gosta de dores de cabeça e ajuste até o último pouquinho para o máximo desempenho, então você pode considerar EC2 + EBS RAID 0. Vanilla EC2 é uma péssima opção para hospedagem MySQL.