Mysql
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Lista de tabelas não vazias no banco de dados MySQL


'information_schema' deve conter os detalhes relevantes. Podes tentar 
SELECT table_type,
       table_name
FROM information_schema.tables
WHERE table_rows >= 1;

para selecionar de um banco de dados seletivo. Você também pode filtrar por TABLE_SCHEMA :
SELECT table_schema,
       table_type,
       table_name 
FROM information_schema.tables
WHERE table_rows >= 1
  AND TABLE_SCHEMA=?