Como selecionar a contagem com o construtor de consultas fluente do Laravel?

Você pode usar um array no select() para definir mais colunas e você pode usar o DB::raw() lá com alias para seguidores. Deve ficar assim:

$query = DB::table('category_issue')
    ->select(array('issues.*', DB::raw('COUNT(issue_subscriptions.issue_id) as followers')))
    ->where('category_id', '=', 1)
    ->join('issues', 'category_issue.issue_id', '=', 'issues.id')
    ->left_join('issue_subscriptions', 'issues.id', '=', 'issue_subscriptions.issue_id')
    ->group_by('issues.id')
    ->order_by('followers', 'desc')
    ->get();