Mysql
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MySQL Você está usando o modo de atualização seguro e tentou atualizar uma tabela sem um WHERE


Parece que o MySQL 5.6 é limitado na execução de um UPDATE declaração junto com um JOIN

Então, em vez de
UPDATE table1 a
INNER JOIN table2 asa
ON a.ID = asa.Table1Id
SET a.ReferenceID = asa.ReferenceID
WHERE a.ID > 0 AND asa.ID > 0

Você terá que escrever quantas consultas forem necessárias, como:
UPDATE table1 a
SET a.ReferenceID = <The corresponding value in table 2>
WHERE a.ID = <The corresponding ID>

Sendo muito chato de digitar, pode-se usar SQL dinâmico para construir as consultas de atualização:
SELECT CONCAT('UPDATE table1 a SET a.ReferenceID = ', asa.ReferenceID, ' WHERE a.ID = ', t.ID, ';')
FROM table1 t
INNER JOIN table2 asa
ON t.ID = asa.Table1Id;

No exemplo:

Esquema (MySQL v5.6)
CREATE TABLE test
(
    id INT NOT NULL PRIMARY KEY AUTO_INCREMENT,
    foo VARCHAR(255)
);

CREATE TABLE test2
(
    id INT NOT NULL PRIMARY KEY AUTO_INCREMENT,
    id_test INT NOT NULL,
    foo VARCHAR(255),
    FOREIGN KEY (id_test) REFERENCES test(id)
);

INSERT INTO test (foo) VALUES ('hello'), ('world');

INSERT INTO test2 (id_test, foo) VALUES (1, 'bar'), (2, 'baz');

Consulta nº 1
SELECT CONCAT('UPDATE test t SET t.foo = ''', t2.foo, ''' WHERE t.id = ', t.id, ';') AS 'sql query'
FROM test t
INNER JOIN test2 t2
ON t.id = t2.id_test;

Isso produz:
UPDATE test t SET t.foo = 'bar' WHERE t.id = 1;
UPDATE test t SET t.foo = 'baz' WHERE t.id = 2;

A saída agora pode ser usada para manualmente atualize as diferentes linhas

Visualizar no DB Fiddle