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Preenchendo lacunas nas datas retornadas do banco de dados - é possível uma solução SQL pura?


Sim, é melhor criar uma tabela de números (coluna única N) que contenha apenas os números de 0 a 999. Ela pode ser usada para muitas coisas, inclusive para uma consulta como a abaixo:
SELECT COUNT(t.click_date) as clicks,
    DATE_FORMAT(adddate($start_date, interval N day), '%d %M %Y') as point 
FROM Numbers
LEFT JOIN tracking t
    ON t.click_date >= adddate($start_date, interval N day)
    and t.click_date < adddate($start_date, interval (N+1) day)
WHERE N between 0 and datediff($start_date, $end_date)
GROUP BY N

Você está usando o formato errado. É maiúsculo W não menor para o dia da semana, então '%W %M %Y' ou '%d %M %Y' para o dia do mês.http://dev.mysql.com/doc/refman/5.5/en/date-and-time-functions.html#function_date-format

Você está usando GROUP BY DAY(FROM_UNIXTIME(click_date)) observe "dia" não é dia da semana, mas você está exibindo (ou tentando) "%W" (dia da semana) - escolha um, não os misture.


EDITAR: Se você preferir não materializar (criar como uma tabela real) uma tabela de sequência de números, você pode construir uma na hora. Não vai ser bonito.
Nota:N1, N2 e N3 abaixo se combinam para fornecer um intervalo possível de 0-999
SELECT COUNT(t.click_date) as clicks,
    DATE_FORMAT(adddate($start_date, interval N day), '%d %M %Y') as point 
FROM (
    select N1 * 100 + N2 * 10 + N3 as N
    from (
    select 0 N1 union all select 1 union all select 2 union all
    select 3 union all select 4 union all select 5 union all
    select 6 union all select 7 union all
    select 8 union all select 9) N1
    cross join (
    select 0 N2 union all select 1 union all select 2 union all
    select 3 union all select 4 union all select 5 union all
    select 6 union all select 7 union all
    select 8 union all select 9) N2
    cross join (
    select 0 N3 union all select 1 union all select 2 union all
    select 3 union all select 4 union all select 5 union all
    select 6 union all select 7 union all
    select 8 union all select 9) N3
    ) Numbers
LEFT JOIN tracking t
    ON t.click_date >= adddate($start_date, interval N day)
    and t.click_date < adddate($start_date, interval (N+1) day)
WHERE N between 0 and datediff($start_date, $end_date)
GROUP BY N

EDIÇÃO #2: Uma tabela de datas direta

Coloque isso em uma nova janela no phpMyAdmin ou execute-o como um lote. Ele cria uma tabela chamada Datas, com todas as datas do dia 1900-01-01 (ou altere no script) para 2300-01-01 (ou mudança).
DROP PROCEDURE IF EXISTS FillDateTable;

delimiter //
CREATE PROCEDURE FillDateTable()
    LANGUAGE SQL
    NOT DETERMINISTIC
    CONTAINS SQL
    SQL SECURITY DEFINER
    COMMENT ''
BEGIN
  drop table if exists datetable;
  create table datetable (thedate datetime primary key, isweekday smallint);

  SET @x := date('1900-01-01');
  REPEAT 
    insert into datetable (thedate, isweekday) SELECT @x, case when dayofweek(@x) in (1,7) then 0 else 1 end;
    SET @x := date_add(@x, interval 1 day);
    UNTIL @x > date('2300-01-01') END REPEAT;
END//
delimiter ;

CALL FillDateTable;

Com essa tabela de utilitários, sua consulta pode ser apenas
SELECT COUNT(t.click_date) as clicks,
    DATE_FORMAT(thedate, '%d %M %Y') as point 
FROM Dates
LEFT JOIN tracking t
    ON t.click_date >= thedate
    and t.click_date < adddate(thedate, interval 1 day)
WHERE thedate between $start_date and $end_date
GROUP BY thedate