Você pode dizer se uma caixa de seleção está selecionada porque ela terá um valor. Se não estiver selecionado, não aparecerá no request/get/post em PHP.
O que você pode querer fazer é verificar o valor dele e trabalhar com base nisso. O valor é a string 'on' por padrão, mas pode ser alterado pelo atributo value='' em HTML.
Aqui estão alguns trechos de código que podem ajudar (não exatamente a qualidade de produção, mas ajudará a ilustrar):
HTML:
<input type='checkbox' name='ShowCloseWindowLink' value='1'/> Show the 'Close Window' link at the bottom of the form.
PHP:
if (isset($_POST["ShowCloseWindowLink"])) {
$ShowCloseWindowLink=1;
} else {
$ShowCloseWindowLink=0;
}
.....
$sql = "update table set ShowCloseWindowLink = ".mysql_real_escape_string($ShowCloseWindowLink)." where ..."
(assumindo uma tabela com uma coluna ShowCloseWindowLink que aceitará 1 ou 0)