Acredito que @Jason Creighton e @S.Lott estejam corretos.
Pelo menos se a tabela que você está atualizando estiver em um mecanismo de armazenamento transacional.
InnoDB é transacional, ISAM não é. Você precisa chamar
commit() em seu objeto de conexão antes de fechá-lo, ou você deve definir a conexão para o modo de confirmação automática. Não tenho certeza de como você faz isso para uma conexão MySQLdb, acho que você define um argumento para o construtor de conexão ou define uma propriedade após criar o objeto de conexão. Algo como:
conn = mysql.connection(host, port, autocommit=True)
# or
conn = mysql.connection(host, port)
conn.autocommit(True)
