Não tenho certeza de qual versão você está usando, mas parece este link descreve o que você está experimentando.
Do link:
mysql> select * from aaa;
+----+------------+------+
| id | month_year | cost |
+----+------------+------+
| 1 | 2002-05-01 | 0.01 |
| 2 | 2002-06-01 | 1.65 |
| 3 | 2002-07-01 | 0.01 |
| 4 | 2002-01-01 | 0.01 |
+----+------------+------+
mysql> select id, sum(cost) from aaa group by id;
+----+---------------------+
| id | sum(cost) |
+----+---------------------+
| 1 | 0.00999999977648258 |
| 2 | 1.64999997615814 |
| 3 | 0.00999999977648258 |
| 4 | 0.00999999977648258 |
+----+---------------------+
The SUM function changes 0.01 to 0.00999999977648258.
Os números de ponto flutuante são armazenados como valores aproximados; se você estiver armazenando um preço, é melhor usar um tipo de dados decimal que armazena valores precisos.