se você estiver usando o PDO (que eu recomendaria), para uma consulta direta exec() retorna o número de linhas afetadas. para Declarações Preparadas existe um método chamado rowCount() .

se você estiver usando as funções mysql , há mysql_affected_rows() .

EDITAR:
parece que você está usando as funções mysql. mysql_num_rows , que é o que você está usando, retorna o tamanho do seu conjunto de resultados (para SELECT-Statements, por exemplo). o que você precisa usar é mysql_affected_rows (como já disse).