Não, não há nenhum comando MySQL integrado por isso. Existem várias ferramentas e scripts que o suportam, você pode matar algumas conexões manualmente ou reiniciar o servidor (mas isso será mais lento).

Use SHOW PROCESSLIST para ver todas as conexões e KILL os IDs do processo que você deseja eliminar.

Você pode editar a configuração de tempo limite para que o daemon do MySQL elimine os processos inativos ou aumente a contagem de conexões. Você pode até limitar a quantidade de conexões por nome de usuário , para que, se o processo continuar se comportando mal, o único processo afetado seja o próprio processo e nenhum outro cliente em seu banco de dados seja bloqueado.

Se você não consegue mais se conectar ao servidor, saiba que o MySQL sempre reserva 1 conexão extra para um usuário com o SUPER privilégio . A menos que seu processo ofensivo esteja, por algum motivo, usando um nome de usuário com esse privilégio...

Então, depois que você puder acessar seu banco de dados novamente, você deve corrigir o processo (site) que está gerando tantas conexões.