Se você tiver dois índices de coluna única, apenas um deles será usado em seu exemplo.
Se você tiver um índice com duas colunas, a consulta pode ser mais rápida (você deve medir). Um índice de duas colunas também pode ser usado como um índice de coluna única, mas apenas para a coluna listada primeiro.
Às vezes pode ser útil ter um índice em (A,B) e outro índice em (B). Isso torna as consultas usando uma ou ambas as colunas rápidas, mas é claro que também usa mais espaço em disco.
Ao escolher os índices, você também precisa considerar o efeito na inserção, exclusão e atualização. Mais índices =atualizações mais lentas.