Como sua entrada é uma string no formato
03.09.13 , presumo (já que hoje é 3 de setembro de 2013) que é dd.mm.yy . Você pode convertê-lo em uma data usando STR_TO_DATE
:STR_TO_DATE(myVal, '%d.%m.%y')
Em seguida, você pode formatá-lo de volta para uma string usando
DATE_FORMAT
:DATE_FORMAT(STR_TO_DATE(myVal, '%d.%m.%y'), '%Y-%m-%d')
Observe que o ano é
%y (minúsculo "y") em STR_TO_DATE e %Y (maiúsculo "Y") em DATE_FORMAT . A versão em minúsculas é para anos de dois dígitos e a maiúscula é para anos de quatro dígitos. 
