AFAIK a única maneira de fazer backups incrementais é usando o log binário. Você tem outras opções se quiser fazer backups completos (hotcopy InnoDB), mas incremental significa que você precisa registrar todas as transações feitas.

Você precisa se perguntar por que está fazendo backup de dados. Como você tem um escravo para replicação, presumo que o backup seja principalmente para reverter dados em caso de exclusão acidental?

Eu provavelmente giraria os logs a cada 1 hora e faria um backup dele. Ou seja, a restauração deixaria os dados com no máximo 1 hora e você pode restaurar a qualquer momento desde o último instantâneo completo.