Da documentação :

Na verdade, se você emitir SELECT ... ORDER BY para esta tabela, a opção para ALTER TABLE não poupará você de filesort , mas em vez disso faça filesort muito mais rapido.

Ordenar um conjunto já ordenado é equivalente a navegar neste conjunto para garantir que tudo está OK.

Se sua tabela não contém nenhum campo dinâmico (como VARCHAR ou 'BLOB'), então provavelmente MyISAM não irá movê-lo ao atualizar.

No entanto, eu não confiaria nesse comportamento se estivesse construindo uma usina nuclear ou algo pelo qual sou pago.

Você precisará fazer ALTER TABLE ... ORDER BY .

REPAIR apenas corrige a estrutura física de uma tabela corrompida.