Esta não é uma solução relacionada ao MySQL em si, mas tivemos muito sucesso com um produto chamado liquibase. (http://www.liquibase.org/ )

É uma solução de migração que abrange muitos fornecedores de banco de dados diferentes, permitindo que todas as alterações do banco de dados sejam codificadas em arquivos de configuração, todos mantidos no Subversion. Como toda a configuração é mantida em arquivos XML, é fácil mesclar as alterações de outras pessoas no script principal e funciona bem com tags e ramificações.

O banco de dados pode ser levado ao nível de revisão atual executando o comando "atualizar banco de dados". A maioria das alterações também tem a capacidade de reverter uma alteração no banco de dados, o que também pode ser útil. Eu recomendaria seguir a prática de garantir que você esteja atualizado antes de executar a migração, pois isso provavelmente seria mais fácil.

Finalmente, quando se trata de uma entrega de produção, você pode optar por ter todas as alterações do banco de dados como um script SQL completo para permitir que os DBAs o executem e mantenham uma separação de tarefas.

Até agora, funcionou como um encanto.