Encontrei a seguinte solução:
INSERT into `table` (id,fruit)
VALUES (1,'apple'), (2,'orange'), (3,'peach')
ON DUPLICATE KEY UPDATE fruit = VALUES(fruit);
Id deve ser único ou chave primária. Mas não sei sobre desempenho.
INSERT into `table` (id,fruit)
VALUES (1,'apple'), (2,'orange'), (3,'peach')
ON DUPLICATE KEY UPDATE fruit = VALUES(fruit);
