Importar CSV para atualizar apenas uma coluna na tabela

Você pode usar LOAD DATA INFILE para carregar em massa as 800.000 linhas de dados em uma tabela temporária, use UPDATE sintaxe para unir sua tabela existente à tabela temporária e atualizar os valores de quantidade.

Por exemplo:

CREATE TEMPORARY TABLE your_temp_table LIKE your_table;

LOAD DATA INFILE '/tmp/your_file.csv'
INTO TABLE your_temp_table
FIELDS TERMINATED BY ','
(id, product, sku, department, quantity); 

UPDATE your_table
INNER JOIN your_temp_table on your_temp_table.id = your_table.id
SET your_table.quantity = your_temp_table.quantity;

DROP TEMPORARY TABLE your_temp_table;